Penggunaan SNOMED-CT pada SATUSEHAT

Scope Penggunaan SNOMED-CT

Setelah mengetahui SNOMED-CT baik dari segi pondasi, komponen, atribut, tipe data, dan logical model nya, aplikasi penggunaan SNOMED-CT pada platform SATU SEHAT mengacu kepada:

SNOMED-CT digunakan sebagai standar terminologi dalam penamaan istilah klinis, termasuk kosakata komprehensif Concept medis, termasuk kondisi medis dan anatomi, serta tes medis, perawatan, dan prosedur.
SNOMED-CT digunakan juga agar dapat dipetakan ke standar internasional lain seperti ICD-10, ICD-9 CM, LOINC

Contoh Penggunaan SNOMED-CT

Tabel 1. Contoh implementasi penggunaan SNOMED-CT
Variabel	Terminologi
Concept ID	Fully Specified Name
Keluhan Utama	Nyeri Perut
21522001	Abdominal pain (finding)
Prognosis	Baik
170968001	Prognosis good (finding)
Tingkat Kesadaran	Berespon dengan nyeri/Pain
450847001	Responds to pain (finding)
Tindakan	Edukasi cuci tangan
698608004	Hand washing education (procedure)
Bidang Spesialisasi	Bedah Saraf
394610002	Neurosurgery (qualifier value)
Pekerjaan	Spesialis Bedah Saraf
45544007	Neurosurgeon (occupation)

Pada tabel di atas dapat dilihat bahwa implementasi penggunaan SNOMED-CT dalam memetakan variabel dan terminologinya yakni dengan menggunakan Concept ID dan Fully Specified Name (FSN). Concept ID yang digunakan disesuaikan temuan yang dilakukan di pencarian SNOMED-CT International dan memastikan Concept ID yang digunakan berstatus active.

AKSES SNOMED-CT

Review Konten SNOMED-CT

Untuk melihat atau review konten apa saja yang terdapat dalam SNOMED-CT, SNOMED International menyediakan terminology browser melalui link http://browser.ihtsdotools.org. Penggunaan SNOMED-CT terminology browser berguna untuk melakukan pemetaan antara kode lokal dengan SNOMED-CT concept yang sepadan. Panduan penggunaan SNOMED-CT browser dapat diakses melalui e-learning pada SNOMED-CT Course for Clinicians.

Mendapatkan SNOMED-CT Release Files

Seluruh institusi yang akan menggunakan SNOMED-CT di dalam wilayah Indonesia terutama untuk pengembangan dan distribusi produk atau jasa yang menggunakan atau memberi akses ke SNOMED-CT harus melakukan registrasi untuk mendapatkan affiliate license kepada Kementerian Kesehatan. Setelah lisensi SNOMED-CT disetujui, institusi dapat mengunduh SNOMED-CT Release Files pada portal registrasi. Untuk penjelasan lebih lanjut, silakan merujuk pada “Panduan Pengajuan Affiliate License SNOMED-CT”.

Dokumentasi/Panduan SNOMED-CT

SNOMED-CT Document Library pada http://snomed.org/doc memberikan akses untuk spesifikasi detail terkait desain SNOMED-CT dan format release file. Pada laman tersebut, tersedia juga akses dokumen terkait standar dan panduan SNOMED-CT.

Edukasi/Pelatihan SNOMED-CT

SNOMED International menyediakan platform e-learning untuk mempelajari SNOMED-CT melalui http://elearning.ihtsdotools.org. Platform e-learning ini menyediakan berbagai materi mulai dari foundation course, implementation course, SNOMED-CT for clinicians, dan materi-materi lainnya. Pada beberapa course, Anda bisa mendapatkan sertifikat dari SNOMED International setelah menyelesaikan dan lulus dari modul yang Anda ambil.

SPESIFIKASI FILE SNOMED-CT

Release File Packaging Items

Saat mengunduh International Edition Release File Types, didapatkan ada 2 macam folder yaitu:

Full adalah versi terlengkap karena riwayat setiap versi komponen bisa didapatkan sedangkan
Snapshot adalah versi terkini karena hanya menampilkan riwayat komponen paling terbaru.

Setiap folder Full maupun Snapshot didapatkan 2 folder di dalamnya yakni Refset dan Terminology.

Gambar 1. Folder Metada

Pada folder Refset didapatkan folder Metadata, Language, Map dan Content. Berikut item dari setiap folder tersebut:

Metadata
1. der2_cciRefset_RefsetDescriptorFull_INT
2. der2_ciRefset_DescriptorTypeFull_INT
3. der2_cissccRefset_MRCMAttributeDomainFull_INT
4. der2_cRefset_MRCMModuleScopeFull_INT
5. der2_ssccRefset_MRCMAttributeRangeFull_INT
6. der2_ssRefset_ModuleDependencyFull_INT
7. der2_sssssssRefset_MRCMDomainFull_INT
Language
1. der2_cRefset_LanguageFull-en_INT
Map
1. der2_iisssccRefset_ExtendedMapFull_INT
2. der2_sRefset_SimpleMapFull_INT
Content
1. der2_Refset_SimpleFull_INT
2. der2_cRefsetAttributeValueFull_INT
3. der2_cRefset_AssociationFull_INT
Pada folder Terminology didapatkan beberapa item yakni:
1. sct2_Identifer_Full_INT
2. sct2_sRefset_OWLExpressionFull_INT
3. sct2_TextDefinition_Full-en_INT
4. sct2_RelationshipConcreteValues_Full_INT
5. sct2_Relationship_Full_INT
6. sct2_StatedRelationShip_Full_INT
7. sct2_concept_Full_INT
8. sct2_Description_Full_INT

Pendekatan Release File

Distribusi konten SNOMED-CT memiliki format RF2 atau Release Format 2 yang mana di dalam RF2 file_e menganut Logical Model SNOMED-CT. Bentuk dari format RF2 ini adalah file_e teks tab-delimited dengan setiap row merepresentasikan versi satu komponen dan setiap column merepresentasikan satu field komponen. Kode yang dipakai berbasis UTF-8.

Setiap file_e memiliki komponen concept, description, relationship dan reference set dengan struktur spesifik. Setiap komponen baik concept atau description atau relationship atau reference set memiliki atribut id (SCTID), effectiveTime dan active. Berikut penjelasan detailnya:

id (SCTID): merepresentasikan identifikasi komponen dan tidak dapat berubah apabila diperbarui versinya
effectiveTime: digunakan untuk memperlihatkan waktu rilis komponen yang dapat berganti setiap pergantian versinya dan penulisannya yakni tahun-bulan-tanggal
active digunakan untuk memperlihatkan bahwa datanya masih aktif (angka 1) atau sudah tidak aktif (angka 0).
moduleId: merepresentasikan asal component dibuat dan dijaga. Perubahan atribut effectiveTime dan active pada id yang sama haruslah dilihat baik-baik, sebagai contoh di bawah ini:

Gambar 2. Pendekatan Release

Pada tabel di atas dapat dilihat bahwa id yang sama memiliki effectiveTime dan active yang berbeda, id pada row ungu hanya aktif hingga 30-01-2012 dan berganti menjadi tidak active pada 31-01-2012.

Setelah mengetahui 3 atribut utama, setiap komponen biasanya memiliki tambahan satu atau lebih atribut seperti concept memiliki:

definitionStatusId: menjelaskan apakah setiap komponen primitive (biasanya berkodekan 900000000000074008) atau defined biasanya berkodekan 900000000000073002). Komponen Implementasi perubahan primitive ke defined dapat dilihat pada tabel sebelumnya yang mana status defined hanya berlaku dari 31-07-2008 hingga 30-01-2012, dan berubah menjadi primitive pada 31-01-2012.

Gambar 3. Tabel Pendekanatan Release

Pada komponen description, tambahan atributnya yakni:

conceptId: menjelaskan bahwa description pada suatu concept memiliki hubungan dengan concept yang lain
languageCode: menjelaskan bahasa yang digunakan dalam description, mengacu kepada kode ISO-639-1
typeId: menjelaskan bahwa komponen description adalah FSN atau sinonim atau description lainnya
term: menjelaskan istilah yang digunakan pada komponen, sebagai contoh pada tabel di bawah pada tanggal 31-01-2003 didapatkan term Engaged in horseback riding dengan status inaktif dan term Horseback riding menjadi aktif per tanggal 31-01-2003
caseSignificanceid: menerangkan bahwa komponen apakah case sensitive atau case insensitive atau huruf inisial case insensitive

Gambar 4. Table Relationship

Pada relationship table digunakan atribut tambahan seperti: . sourceId: atribut yang menjelaskan asal usul concept sehingga beberapa komponen dapat memiliki sourceId yang sama . destinationId: menjelaskan tujuan concept dari satu atau beberapa komponen . relationshipGroup: menerangkan bahwa kumpulan relationship dikelompokan menjadi satu dengan status active dan sourceId yang sama . typeId: menjelaskan bahwa relationship antar concept dari sourceId dan destinationId. . characteristicTypeId: menjelaskan bahwa relationship ini dibuat oleh author atau merupakan klasifikasi description logis, . modifierId: menjelaskan tipe description logis yang terbagi atas existential restriction (there exists some) atau universal restriction (there exists only)

Pendekatan Reference Set

Reference Set atau Refset adalah format standar yang digunakan untuk mendistribusikan SNOMED-CT. Penggunaan refset membantu dalam kostumisasi terminologi di negara yang berbeda, bahasa yang berbeda, spesialisasi dan konteks yang berbeda. Secara teknis di SNOMED-CT, refset berfungsi sebagai:

Merepresentasikan subset komponen yakni concept, relationship, description
List order dari komponen
Mengasosiasikan set dari komponen
Pembentukan mapping antar SNOMED-CT Concept dengan kode sistem lain

Secara bentuk file refset pada releases files adalah format tabular di mana tabel merepresentasikan member/bagian dari refset dan setiap refset direpresentasikan dengan set of attribute values.

Gambar 5. Penggunaan refset

Secara penggunaan refset terbagi atas 3 kelompok:

Content: menunjang kebutuhan tipikal dari konten Concept
Mapping: merepresentasikan tipe-tipe mapping
Technical: menunjang kebutuhan teknis

Refset memiliki komponen atribut yang mirip dengan concept, description dan relationship. Refset ini memiliki 4 atribut utama yakni:

Id: menggunakan UUID/ Universally Unique Identifier
effectiveTime: menunjukan waktu tahun-bulan-hari
Active: memperlihatkan status aktif/non-aktif
moduleId: menunjukan untuk masuk di module mana komponennya

Atribut unik yang hanya ada di refset yakni

refsetId: menjelaskan untuk mengidentifikasi asal refset dari komponen mana
referencedComponentId: mengidentifikasi komponen konten yang digunakan oleh refset

Gambar 6. Simple Refset

Jadi pada dasarnya simple refset memiliki 6 atribut sedangkan refset lainnya memiliki 6 atribut ditambahkan 1 atribut spesifik tergantung Logical Model nya.

Gambar 7. referencedComponentId

Pada ilustrasi di atas dapat terlihat bahwa referencedComponentId memiliki refsetId yang sama dan ini adalah contoh dari simple refset. Selain simple refset, ada refset lainnya yang harus diketahui dalam pembelajaran refset yakni:

Language refset

Language refset memiliki ke 6 komponen simple refset ditambah acceptabilityId yang berguna dalam menjelaskan istilah description Acceptable atau Preferred. Setiap bahasa memiliki referencedComponentId nya sendiri yang mana description bisa saja muncul di US term tetapi tidak muncul di Great Britain term, atau muncul di keduanya.

Gambar 8. Language Refeset

Sebagai contoh pada gambar di atas istilah pada GB yang dilingkari warna hijau, sedangkan istilah US dilingkari warna ungu.

Attribute Value refset

Association refset digunakan untuk menghubungkan/asosiasikan antar komponen yang mana memiliki 6 atribut simple refset dan targetComponentId atribut.

Gambar 9. Attribute Refeset

Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa referencedComponentId identifikasi concept inaktif yang di ganti dengan concept aktif dengan targetComponentId.

Association refset

Attribute Value refset menggunakan ke 6 atribut dari simple refset ditambahkan valueId yang mana berfungsi untuk menjelaskan alasan dari concept tersebut, sebagai contoh pada kasus inaktivasi sebuah concept.

Gambar 10. Associatio Refeset

Pada gambar di atas kita bisa lihat bahwa valueId memperlihatkan alasan inaktivasi concept pada kolum referencedComponentId seperti duplikasi, ambiguous dan limited.

Order refset

Ordered refset digunakan untuk menjelaskan prioritas urutan atau melihat hubungan urutan antar komponen. Ordered refset menggunakan 6 atribut simple refset dengan tambahan atribut order dan linkedTold. Order digunakan untuk memperlihatkan urutan prioritas yang mana nomer 1 adalah paling prioritas sedangkan linkedTold adalah concept yang dijelaskan.

Gambar 11. Order Refeset

Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa komponen diurutkan berdasarkan order nya dengan referencedComponentId yang sama.

Annotation dan Query refset

Annotation refset digunakan untuk memasukkan string text pada suatu concept dan atribut yang digunakan adalah annotation, query refset digunakan untuk menjabarkan member dari suatu komponen dengan atribut query.

Gambar 12. Query Refeset

Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa query yang digunakan dapat mengimpresentasikan beberapa concept di dalamnya.

Simple map refset

Simple map refset digunakan untuk merepresentasikan concept pada SNOMED-CT dengan kode pada kode sistem lain dan prinsip simple map adalah satu concept untuk satu kode pada satu kode sistem lain. simple map refset menggunakan mapTarget sebagai atribut tambahannya.

Gambar 13. Sample Map Refeset

Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa refset diambil dari ICD-O sistem kode dengan mapTarget kode dari ICD-O sedangkan referencedComponentId adalah kode dari SNOMED-CT concept.

Complex map dan Extender map refset refset

Selain simple map refset, ada complex map refset dan extended map refset. Perbedaan mendasar complex dan extended map refset dengan simple map refset adalah sistem kode yang digunakan bisa lebih dari satu dan memiliki beberapa atribut tambahan yakni; mapGroup yang digunakan untuk mengelompokan map dan memilih satu dari setiap map, mapPriority digunakan untuk memprioritaskan _mapGroup dengan melakukan order, mapRule adalah otomatis _command yang digunakan untuk mengolah apakah map layak dipilih didalam mapGroup, mapAdvice adalah manual command yang digunakan untuk menentukan target code pada group, mapTarget adalah kode dari sistem kode lain dan correlationId adalah sumber dari map target yang menjelaskan hubungan SNOMED-CT dan target code.

Description format refset: bagian dari technical

Description format refset digunakan untuk memberikan description tambahan pada suatu concept dan memilki atribut tambahan yakni descriptionFormat dan descriptionLength.

Gambar 14. Description Format Refeset

Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa description bisa ditambahkan pada FSN sebanyak 255 kata maksimum, sedangkan synonym juga 255 kata maksimum.

Module dependency refset

Module dependency refset digunakan untuk menerangkan ketergantungan suatu komponen dalam beberapa versi module dan atribut tambahan yang digunakan adalah sourceEffectiveTime dan targetEffectiveTime. Kedua atribut ini menjelaskan effectivetime yang harus selaras antara source dengan target module.

Gambar 15. Module Refeset

Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa National module bergantung kepada SNOMED-CT core module sejak 2015-05-31, begitu juga Hospital module bergantung dengan National module sejak 2015-07-31 dan Hospital module bergantung kepada SNOMED-CT core module sejak 2015-07-31.

Refset descriptor

Refset descriptor berfungsi untuk menjelaskan suatu atribut dan atribut tambahan yang digunakan adalah attributeDescriptor, attributeType, dan attributeOrder.

Gambar 16. Descriptor Refeset

Pada gambar di atas, kita bisa melihat bahwa Virtual medicinal product simple refset adalah referenced component dengan tipe concept komponen.

IMPLEMENTASI SNOMED-CT

Pendekatan Implementasi

Pendekatan implementasi SNOMED-CT pada rekam medis elektronik dapat disesuaikan dengan beberapa hal di bawah ini

Bagaimana target penggunaan SNOMED-CT dalam rekam medis elektronik?
Apakah target penggunaan SNOMED-CT dilakukan dalam satu fase atau dibagi dalam beberapa fase?
Apakah konten SNOMED-CT disimpan bersamaan dengan referensi data yang lain atau terpisah?
Apakah implementasi SNOMED-CT dilakukan secara native dalam sistem rekam medis elektronik atau melalui integrasi dengan penyedia terminology services?

Dengan berbagai sistem rekam medis elektronik dan luasnya ruang lingkup penggunaan SNOMED-CT, tidak ada pendekatan implementasi yang universal atau paling tepat. Pendekatan implementasi harus disesuaikan dengan kondisi dan kebutuhan penggunaan SNOMED-CT.

Enam pendekatan implementasi SNOMED-CT pada rekam medis dapat dilihat pada tabel di bawah ini.

Tabel 2. Implmenetasi SNOMED-CT pada rekam medis
Pendekatan Implementasi	Keterangan
Code System	Untuk menyimpan informasi klinis atau sebagai data entry
Interface Terminology	Untuk menangkap dan menampilkan informasi klinis
Indexing System	Untuk menerima informasi klinis
Common Terminologys	Sebagai terminologi umum untuk komunikasi yang bermakna (meaningful use) Untuk mengintegrasikan data yang heterogen
Dictionary	Untuk query, analisis, dan pelaporan Untuk menghubungkan data kesehatan dengan knowledge resources
Extensible Foundation	Untuk mewakili tipe baru dari data klinis

Pendekatan implementasi ini dapat digunakan secara bersamaan dalam rekam medis elektronik.

Implementasi: Common Terminology untuk Komunikasi dan Integrasi

Gambar 17. Implmentasi Common Terminology

Pendekatan SNOMED-CT sebagai common terminology atau referensi terminologi digunakan ketika data rekam medis elektronik memiliki kode lokal yang telah digunakan dan melakukan komunikasi dengan sistem eksternal seperti platform SATUSEHAT. Pada kondisi ini, perlu dilakukan pemetaan antara kode lokal yang telah ada dengan kode SNOMED-CT yang sepadan. Pendekatan ini bisa digunakan untuk sistem yang sebelumnya belum pernah melakukan implementasi SNOMED-CT dan tidak perlu ada perubahan pada sistem inti yang eksisting. Pada implementasi ini, pengelola sistem informasi perlu mengelola pemetaan antara kode lokal dengan kode SNOMED-CT terkait.

Manfaat pendekatan Common Terminology

Komunikasi dilakukan berdasarkan SNOMED-CT concept identifiers
Tidak ada perubahan yang terjadi dalam sistem inti
Data pasien dapat diintegrasikan dari berbagai sistem informasi
Data pasien dapat dikodekan secara konsisten untuk analisis, query dan decision support

Hal yang perlu dipertimbangkan ketika melakukan pendekatan implementasi ini

Manfaat penuh SNOMED-CT secara penuh belum didapatkan
Memerlukan proporsi istilah klinis dalam bentuk kode/kategorikal berhasil * dipetakan ke dan dari SNOMED-CT
Hasil pemetaan terminologi harus selalu diperbaharui

Implementasi: Data Entry / Code System

Gambar 18. Implmentasi Data Entery

Pendekatan ini dilakukan ketika SNOMED-CT menjadi Code System atau kode yang digunakan dalam proses data entry tanpa melakukan perubahan istilah yang ditampilkan pada user interface. Pendekatan ini membutuhkan pemetaan antara istilah yang tampil pada user interface dengan kode SNOMED-CT yang sepadan untuk disimpan dalam database. Pendekatan ini dapat meminimalisir perubahan user experience yang dirasakan oleh pengguna sistem informasi.

Manfaat pendekatan data entry/code system

Tidak ada perubahan pada tampilan user interface yang dilihat oleh klinisi
Data pasien disimpan menggunakan SNOMED-CT concepts
Dapat menggunakan pemetaan yang sudah digunakan secara internasional seperti ICD-9 dan ICD-10
SNOMED-CT dapat digunakan langsung untuk pertukaran data elektronik

Hal yang perlu dipertimbangkan ketika melakukan pendekatan implementasi ini

Perlu adanya pemetaan yang mumpuni antara istilah di user interface dengan kode SNOMED-CT
Idealnya pemetaan antara istilah di user interface dengan SNOMED-CT adalah one-to-one map.
Hasil pemetaan terminologi harus selalu diperbaharui

Rekomendasi data klinis yang disimpan dalam database menggunakan SNOMED-CT adalah penyimpanan dari 2 komponen SNOMED-CT yaitu

Kode SNOMED-CT/SNOMED-CT concept identifier: SCTID dari concept yang direpresentasikan dalam bentuk string, terdiri dari 6-18 digit
SNOMED-CT term: deskripsi dari kode SNOMED-CT

Implementasi: Interface Terminology

Gambar 19. Implementasi: Interface Terminology

Menggunakan SNOMED-CT sebagai istilah yang ada di user interface akan mengurangi kompleksitas untuk pemetaan antara istilah user interface dengan SNOMED-CT. Namun, untuk mempermudah implementasi ini di Indonesia, perlu dilakukan translasi description SNOMED-CT terlebih dahulu secara resmi. Perlu diperhatikan, bahwa menampilkan SNOMED-CT concept identifier pada user interface tidak perlu dilakukan karena kode ini tidak merefleksikan arti dari concept.

Manfaat pendekatan interface terminology

Adanya standardisasi deskripsi/istilah pada user interface
Tidak perlu ada pemetaan antara istilah pada user interface dengan kode SNOMED-CT pada database
Akan meningkatkan teknis untuk data entry, search, dan display
Data pasien tersimpan dengan SNOMED-CT concepts
Master data referensi bisa langsung digunakan

Hal yang perlu dipertimbangkan ketika melakukan pendekatan implementasi ini

Perlu adanya transisi pada user experience
Subset perlu dibuat dan dikelola untuk mendukung fungsi pencarian dan mencatat SNOMED-CT concept yang tepat
Preferred term dari masing-masing concept digunakan sebagai default display pada user interface