Penggunaan SNOMED-CT pada SATUSEHAT
Scope Penggunaan SNOMED-CT
Setelah mengetahui SNOMED-CT baik dari segi pondasi, komponen, atribut, tipe data, dan logical model nya, aplikasi penggunaan SNOMED-CT pada platform SATU SEHAT mengacu kepada:
SNOMED-CT digunakan sebagai standar terminologi dalam penamaan istilah klinis, termasuk kosakata komprehensif Concept medis, termasuk kondisi medis dan anatomi, serta tes medis, perawatan, dan prosedur.
SNOMED-CT digunakan juga agar dapat dipetakan ke standar internasional lain seperti ICD-10, ICD-9 CM, LOINC
Contoh Penggunaan SNOMED-CT
| Variabel | Terminologi |
|---|---|
Concept ID | Fully Specified Name |
Keluhan Utama | Nyeri Perut |
21522001 | Abdominal pain (finding) |
Prognosis | Baik |
170968001 | Prognosis good (finding) |
Tingkat Kesadaran | Berespon dengan nyeri/Pain |
450847001 | Responds to pain (finding) |
Tindakan | Edukasi cuci tangan |
698608004 | Hand washing education (procedure) |
Bidang Spesialisasi | Bedah Saraf |
394610002 | Neurosurgery (qualifier value) |
Pekerjaan | Spesialis Bedah Saraf |
45544007 | Neurosurgeon (occupation) |
Pada tabel di atas dapat dilihat bahwa implementasi penggunaan SNOMED-CT dalam memetakan variabel dan terminologinya yakni dengan menggunakan Concept ID dan Fully Specified Name (FSN). Concept ID yang digunakan disesuaikan temuan yang dilakukan di pencarian SNOMED-CT International dan memastikan Concept ID yang digunakan berstatus active.
AKSES SNOMED-CT
Review Konten SNOMED-CT
Untuk melihat atau review konten apa saja yang terdapat dalam SNOMED-CT, SNOMED International menyediakan terminology browser melalui link http://browser.ihtsdotools.org. Penggunaan SNOMED-CT terminology browser berguna untuk melakukan pemetaan antara kode lokal dengan SNOMED-CT concept yang sepadan. Panduan penggunaan SNOMED-CT browser dapat diakses melalui e-learning pada SNOMED-CT Course for Clinicians.
Mendapatkan SNOMED-CT Release Files
Seluruh institusi yang akan menggunakan SNOMED-CT di dalam wilayah Indonesia terutama untuk pengembangan dan distribusi produk atau jasa yang menggunakan atau memberi akses ke SNOMED-CT harus melakukan registrasi untuk mendapatkan affiliate license kepada Kementerian Kesehatan. Setelah lisensi SNOMED-CT disetujui, institusi dapat mengunduh SNOMED-CT Release Files pada portal registrasi. Untuk penjelasan lebih lanjut, silakan merujuk pada “Panduan Pengajuan Affiliate License SNOMED-CT”.
Dokumentasi/Panduan SNOMED-CT
SNOMED-CT Document Library pada http://snomed.org/doc memberikan akses untuk spesifikasi detail terkait desain SNOMED-CT dan format release file. Pada laman tersebut, tersedia juga akses dokumen terkait standar dan panduan SNOMED-CT.
Edukasi/Pelatihan SNOMED-CT
SNOMED International menyediakan platform e-learning untuk mempelajari SNOMED-CT melalui http://elearning.ihtsdotools.org. Platform e-learning ini menyediakan berbagai materi mulai dari foundation course, implementation course, SNOMED-CT for clinicians, dan materi-materi lainnya. Pada beberapa course, Anda bisa mendapatkan sertifikat dari SNOMED International setelah menyelesaikan dan lulus dari modul yang Anda ambil.
SPESIFIKASI FILE SNOMED-CT
Release File Packaging Items
Saat mengunduh International Edition Release File Types, didapatkan ada 2 macam folder yaitu:
Full adalah versi terlengkap karena riwayat setiap versi komponen bisa didapatkan sedangkan
Snapshot adalah versi terkini karena hanya menampilkan riwayat komponen paling terbaru.
Setiap folder Full maupun Snapshot didapatkan 2 folder di dalamnya yakni Refset dan Terminology.
Pada folder Refset didapatkan folder Metadata, Language, Map dan Content. Berikut item dari setiap folder tersebut:
Metadata
der2_cciRefset_RefsetDescriptorFull_INT
der2_ciRefset_DescriptorTypeFull_INT
der2_cissccRefset_MRCMAttributeDomainFull_INT
der2_cRefset_MRCMModuleScopeFull_INT
der2_ssccRefset_MRCMAttributeRangeFull_INT
der2_ssRefset_ModuleDependencyFull_INT
der2_sssssssRefset_MRCMDomainFull_INT
Language
der2_cRefset_LanguageFull-en_INT
Map
der2_iisssccRefset_ExtendedMapFull_INT
der2_sRefset_SimpleMapFull_INT
Content
der2_Refset_SimpleFull_INT
der2_cRefsetAttributeValueFull_INT
der2_cRefset_AssociationFull_INT
Pada folder Terminology didapatkan beberapa item yakni:
sct2_Identifer_Full_INT
sct2_sRefset_OWLExpressionFull_INT
sct2_TextDefinition_Full-en_INT
sct2_RelationshipConcreteValues_Full_INT
sct2_Relationship_Full_INT
sct2_StatedRelationShip_Full_INT
sct2_concept_Full_INT
sct2_Description_Full_INT
Pendekatan Release File
Distribusi konten SNOMED-CT memiliki format RF2 atau Release Format 2 yang mana di dalam RF2 file_e menganut Logical Model SNOMED-CT. Bentuk dari format RF2 ini adalah file_e teks tab-delimited dengan setiap row merepresentasikan versi satu komponen dan setiap column merepresentasikan satu field komponen. Kode yang dipakai berbasis UTF-8.
Setiap file_e memiliki komponen concept, description, relationship dan reference set dengan struktur spesifik. Setiap komponen baik concept atau description atau relationship atau reference set memiliki atribut id (SCTID), effectiveTime dan active. Berikut penjelasan detailnya:
id (SCTID): merepresentasikan identifikasi komponen dan tidak dapat berubah apabila diperbarui versinya
effectiveTime: digunakan untuk memperlihatkan waktu rilis komponen yang dapat berganti setiap pergantian versinya dan penulisannya yakni tahun-bulan-tanggal
active digunakan untuk memperlihatkan bahwa datanya masih aktif (angka 1) atau sudah tidak aktif (angka 0).
moduleId: merepresentasikan asal component dibuat dan dijaga. Perubahan atribut effectiveTime dan active pada id yang sama haruslah dilihat baik-baik, sebagai contoh di bawah ini:
Pada tabel di atas dapat dilihat bahwa id yang sama memiliki effectiveTime dan active yang berbeda, id pada row ungu hanya aktif hingga 30-01-2012 dan berganti menjadi tidak active pada 31-01-2012.
Setelah mengetahui 3 atribut utama, setiap komponen biasanya memiliki tambahan satu atau lebih atribut seperti concept memiliki:
definitionStatusId: menjelaskan apakah setiap komponen primitive (biasanya berkodekan 900000000000074008) atau defined biasanya berkodekan 900000000000073002). Komponen Implementasi perubahan primitive ke defined dapat dilihat pada tabel sebelumnya yang mana status defined hanya berlaku dari 31-07-2008 hingga 30-01-2012, dan berubah menjadi primitive pada 31-01-2012.
Pada komponen description, tambahan atributnya yakni:
conceptId: menjelaskan bahwa description pada suatu concept memiliki hubungan dengan concept yang lain
languageCode: menjelaskan bahasa yang digunakan dalam description, mengacu kepada kode ISO-639-1
typeId: menjelaskan bahwa komponen description adalah FSN atau sinonim atau description lainnya
term: menjelaskan istilah yang digunakan pada komponen, sebagai contoh pada tabel di bawah pada tanggal 31-01-2003 didapatkan term Engaged in horseback riding dengan status inaktif dan term Horseback riding menjadi aktif per tanggal 31-01-2003
caseSignificanceid: menerangkan bahwa komponen apakah case sensitive atau case insensitive atau huruf inisial case insensitive
Pada relationship table digunakan atribut tambahan seperti: . sourceId: atribut yang menjelaskan asal usul concept sehingga beberapa komponen dapat memiliki sourceId yang sama . destinationId: menjelaskan tujuan concept dari satu atau beberapa komponen . relationshipGroup: menerangkan bahwa kumpulan relationship dikelompokan menjadi satu dengan status active dan sourceId yang sama . typeId: menjelaskan bahwa relationship antar concept dari sourceId dan destinationId. . characteristicTypeId: menjelaskan bahwa relationship ini dibuat oleh author atau merupakan klasifikasi description logis, . modifierId: menjelaskan tipe description logis yang terbagi atas existential restriction (there exists some) atau universal restriction (there exists only)
Pendekatan Reference Set
Reference Set atau Refset adalah format standar yang digunakan untuk mendistribusikan SNOMED-CT. Penggunaan refset membantu dalam kostumisasi terminologi di negara yang berbeda, bahasa yang berbeda, spesialisasi dan konteks yang berbeda. Secara teknis di SNOMED-CT, refset berfungsi sebagai:
Merepresentasikan subset komponen yakni concept, relationship, description
List order dari komponen
Mengasosiasikan set dari komponen
Pembentukan mapping antar SNOMED-CT Concept dengan kode sistem lain
Secara bentuk file refset pada releases files adalah format tabular di mana tabel merepresentasikan member/bagian dari refset dan setiap refset direpresentasikan dengan set of attribute values.
Secara penggunaan refset terbagi atas 3 kelompok:
Content: menunjang kebutuhan tipikal dari konten Concept
Mapping: merepresentasikan tipe-tipe mapping
Technical: menunjang kebutuhan teknis
Refset memiliki komponen atribut yang mirip dengan concept, description dan relationship. Refset ini memiliki 4 atribut utama yakni:
Id: menggunakan UUID/ Universally Unique Identifier
effectiveTime: menunjukan waktu tahun-bulan-hari
Active: memperlihatkan status aktif/non-aktif
moduleId: menunjukan untuk masuk di module mana komponennya
Atribut unik yang hanya ada di refset yakni
refsetId: menjelaskan untuk mengidentifikasi asal refset dari komponen mana
referencedComponentId: mengidentifikasi komponen konten yang digunakan oleh refset
Jadi pada dasarnya simple refset memiliki 6 atribut sedangkan refset lainnya memiliki 6 atribut ditambahkan 1 atribut spesifik tergantung Logical Model nya.
Pada ilustrasi di atas dapat terlihat bahwa referencedComponentId memiliki refsetId yang sama dan ini adalah contoh dari simple refset. Selain simple refset, ada refset lainnya yang harus diketahui dalam pembelajaran refset yakni:
Language refset
Language refset memiliki ke 6 komponen simple refset ditambah acceptabilityId yang berguna dalam menjelaskan istilah description Acceptable atau Preferred. Setiap bahasa memiliki referencedComponentId nya sendiri yang mana description bisa saja muncul di US term tetapi tidak muncul di Great Britain term, atau muncul di keduanya.
Sebagai contoh pada gambar di atas istilah pada GB yang dilingkari warna hijau, sedangkan istilah US dilingkari warna ungu.
Attribute Value refset
Association refset digunakan untuk menghubungkan/asosiasikan antar komponen yang mana memiliki 6 atribut simple refset dan targetComponentId atribut.
Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa referencedComponentId identifikasi concept inaktif yang di ganti dengan concept aktif dengan targetComponentId.
Association refset
Attribute Value refset menggunakan ke 6 atribut dari simple refset ditambahkan valueId yang mana berfungsi untuk menjelaskan alasan dari concept tersebut, sebagai contoh pada kasus inaktivasi sebuah concept.
Pada gambar di atas kita bisa lihat bahwa valueId memperlihatkan alasan inaktivasi concept pada kolum referencedComponentId seperti duplikasi, ambiguous dan limited.
Order refset
Ordered refset digunakan untuk menjelaskan prioritas urutan atau melihat hubungan urutan antar komponen. Ordered refset menggunakan 6 atribut simple refset dengan tambahan atribut order dan linkedTold. Order digunakan untuk memperlihatkan urutan prioritas yang mana nomer 1 adalah paling prioritas sedangkan linkedTold adalah concept yang dijelaskan.
Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa komponen diurutkan berdasarkan order nya dengan referencedComponentId yang sama.
Annotation dan Query refset
Annotation refset digunakan untuk memasukkan string text pada suatu concept dan atribut yang digunakan adalah annotation, query refset digunakan untuk menjabarkan member dari suatu komponen dengan atribut query.
Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa query yang digunakan dapat mengimpresentasikan beberapa concept di dalamnya.
Simple map refset
Simple map refset digunakan untuk merepresentasikan concept pada SNOMED-CT dengan kode pada kode sistem lain dan prinsip simple map adalah satu concept untuk satu kode pada satu kode sistem lain. simple map refset menggunakan mapTarget sebagai atribut tambahannya.
Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa refset diambil dari ICD-O sistem kode dengan mapTarget kode dari ICD-O sedangkan referencedComponentId adalah kode dari SNOMED-CT concept.
Complex map dan Extender map refset refset
Selain simple map refset, ada complex map refset dan extended map refset. Perbedaan mendasar complex dan extended map refset dengan simple map refset adalah sistem kode yang digunakan bisa lebih dari satu dan memiliki beberapa atribut tambahan yakni; mapGroup yang digunakan untuk mengelompokan map dan memilih satu dari setiap map, mapPriority digunakan untuk memprioritaskan _mapGroup dengan melakukan order, mapRule adalah otomatis _command yang digunakan untuk mengolah apakah map layak dipilih didalam mapGroup, mapAdvice adalah manual command yang digunakan untuk menentukan target code pada group, mapTarget adalah kode dari sistem kode lain dan correlationId adalah sumber dari map target yang menjelaskan hubungan SNOMED-CT dan target code.
Description format refset: bagian dari technical
Description format refset digunakan untuk memberikan description tambahan pada suatu concept dan memilki atribut tambahan yakni descriptionFormat dan descriptionLength.
Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa description bisa ditambahkan pada FSN sebanyak 255 kata maksimum, sedangkan synonym juga 255 kata maksimum.
Module dependency refset
Module dependency refset digunakan untuk menerangkan ketergantungan suatu komponen dalam beberapa versi module dan atribut tambahan yang digunakan adalah sourceEffectiveTime dan targetEffectiveTime. Kedua atribut ini menjelaskan effectivetime yang harus selaras antara source dengan target module.
Pada gambar di atas kita bisa melihat bahwa National module bergantung kepada SNOMED-CT core module sejak 2015-05-31, begitu juga Hospital module bergantung dengan National module sejak 2015-07-31 dan Hospital module bergantung kepada SNOMED-CT core module sejak 2015-07-31.
Refset descriptor
Refset descriptor berfungsi untuk menjelaskan suatu atribut dan atribut tambahan yang digunakan adalah attributeDescriptor, attributeType, dan attributeOrder.
Pada gambar di atas, kita bisa melihat bahwa Virtual medicinal product simple refset adalah referenced component dengan tipe concept komponen.
IMPLEMENTASI SNOMED-CT
Pendekatan Implementasi
Pendekatan implementasi SNOMED-CT pada rekam medis elektronik dapat disesuaikan dengan beberapa hal di bawah ini
Bagaimana target penggunaan SNOMED-CT dalam rekam medis elektronik?
Apakah target penggunaan SNOMED-CT dilakukan dalam satu fase atau dibagi dalam beberapa fase?
Apakah konten SNOMED-CT disimpan bersamaan dengan referensi data yang lain atau terpisah?
Apakah implementasi SNOMED-CT dilakukan secara native dalam sistem rekam medis elektronik atau melalui integrasi dengan penyedia terminology services?
Dengan berbagai sistem rekam medis elektronik dan luasnya ruang lingkup penggunaan SNOMED-CT, tidak ada pendekatan implementasi yang universal atau paling tepat. Pendekatan implementasi harus disesuaikan dengan kondisi dan kebutuhan penggunaan SNOMED-CT.
Enam pendekatan implementasi SNOMED-CT pada rekam medis dapat dilihat pada tabel di bawah ini.
| Pendekatan Implementasi | Keterangan |
|---|---|
Code System |
|
Interface Terminology |
|
Indexing System |
|
Common Terminologys |
|
Dictionary |
|
Extensible Foundation |
|
Pendekatan implementasi ini dapat digunakan secara bersamaan dalam rekam medis elektronik.
Implementasi: Common Terminology untuk Komunikasi dan Integrasi
Pendekatan SNOMED-CT sebagai common terminology atau referensi terminologi digunakan ketika data rekam medis elektronik memiliki kode lokal yang telah digunakan dan melakukan komunikasi dengan sistem eksternal seperti platform SATUSEHAT. Pada kondisi ini, perlu dilakukan pemetaan antara kode lokal yang telah ada dengan kode SNOMED-CT yang sepadan. Pendekatan ini bisa digunakan untuk sistem yang sebelumnya belum pernah melakukan implementasi SNOMED-CT dan tidak perlu ada perubahan pada sistem inti yang eksisting. Pada implementasi ini, pengelola sistem informasi perlu mengelola pemetaan antara kode lokal dengan kode SNOMED-CT terkait.
Manfaat pendekatan Common Terminology
Komunikasi dilakukan berdasarkan SNOMED-CT concept identifiers
Tidak ada perubahan yang terjadi dalam sistem inti
Data pasien dapat diintegrasikan dari berbagai sistem informasi
Data pasien dapat dikodekan secara konsisten untuk analisis, query dan decision support
Hal yang perlu dipertimbangkan ketika melakukan pendekatan implementasi ini
Manfaat penuh SNOMED-CT secara penuh belum didapatkan
Memerlukan proporsi istilah klinis dalam bentuk kode/kategorikal berhasil * dipetakan ke dan dari SNOMED-CT
Hasil pemetaan terminologi harus selalu diperbaharui
Implementasi: Data Entry / Code System
Pendekatan ini dilakukan ketika SNOMED-CT menjadi Code System atau kode yang digunakan dalam proses data entry tanpa melakukan perubahan istilah yang ditampilkan pada user interface. Pendekatan ini membutuhkan pemetaan antara istilah yang tampil pada user interface dengan kode SNOMED-CT yang sepadan untuk disimpan dalam database. Pendekatan ini dapat meminimalisir perubahan user experience yang dirasakan oleh pengguna sistem informasi.
Manfaat pendekatan data entry/code system
Tidak ada perubahan pada tampilan user interface yang dilihat oleh klinisi
Data pasien disimpan menggunakan SNOMED-CT concepts
Dapat menggunakan pemetaan yang sudah digunakan secara internasional seperti ICD-9 dan ICD-10
SNOMED-CT dapat digunakan langsung untuk pertukaran data elektronik
Hal yang perlu dipertimbangkan ketika melakukan pendekatan implementasi ini
Perlu adanya pemetaan yang mumpuni antara istilah di user interface dengan kode SNOMED-CT
Idealnya pemetaan antara istilah di user interface dengan SNOMED-CT adalah one-to-one map.
Hasil pemetaan terminologi harus selalu diperbaharui
Rekomendasi data klinis yang disimpan dalam database menggunakan SNOMED-CT adalah penyimpanan dari 2 komponen SNOMED-CT yaitu
Kode SNOMED-CT/SNOMED-CT concept identifier: SCTID dari concept yang direpresentasikan dalam bentuk string, terdiri dari 6-18 digit
SNOMED-CT term: deskripsi dari kode SNOMED-CT
Implementasi: Interface Terminology
Menggunakan SNOMED-CT sebagai istilah yang ada di user interface akan mengurangi kompleksitas untuk pemetaan antara istilah user interface dengan SNOMED-CT. Namun, untuk mempermudah implementasi ini di Indonesia, perlu dilakukan translasi description SNOMED-CT terlebih dahulu secara resmi. Perlu diperhatikan, bahwa menampilkan SNOMED-CT concept identifier pada user interface tidak perlu dilakukan karena kode ini tidak merefleksikan arti dari concept.
Manfaat pendekatan interface terminology
Adanya standardisasi deskripsi/istilah pada user interface
Tidak perlu ada pemetaan antara istilah pada user interface dengan kode SNOMED-CT pada database
Akan meningkatkan teknis untuk data entry, search, dan display
Data pasien tersimpan dengan SNOMED-CT concepts
Master data referensi bisa langsung digunakan
Hal yang perlu dipertimbangkan ketika melakukan pendekatan implementasi ini
Perlu adanya transisi pada user experience
Subset perlu dibuat dan dikelola untuk mendukung fungsi pencarian dan mencatat SNOMED-CT concept yang tepat
Preferred term dari masing-masing concept digunakan sebagai default display pada user interface